Die Abwässer der Gemeinde Rüeggisberg fliessen in zwei verschiedene Kläranlagen; der Hauptanteil in die ARA-Sensetal in Laupen und die Weiler Tromwil/Hasli in die Kläranlage Gürbetal in Kaufdorf.
Die Gemeinde Rüeggisberg gehört drei ARA-Verbänden an: ARA-Sensetal in Laupen, ARA-Verband Gürbetal in Kaufdorf sowie ARA-Verband Riggisberg-Rüeggisberg-Rüschegg (Leitungen Schwand und Pumpleitung Wislisau-Schwarzenburg).
Weiter verfügt die Gemeinde über zwei gemeindeeigene Kleinkläranlagen (Vorder- und Hinterfultigen).